Trong khi đó, ở nghiên cứu thứ hai, 21 tình nguyện viên được cho uống kháng sinh trong một thời gian rồi chia thành ba nhóm. Nhóm 1, hay còn gọi là nhóm "theo dõi và chờ đợi", tức là không sử dụng men vi sinh, để hệ gien vi sinh trong đường ruột tự sản sinh, trong khi nhóm hai được chỉ định uống loại men vi sinh biệt dược gốc vốn được sử dụng trong nghiên cứu đầu tiên, và nhóm thứ 3 được điều trị bằng phương pháp cấy ghép gien vi sinh vật trong phân (aFMT), vốn được lấy từ chính những người này trước khi tiếp nhận kháng sinh. Kết quả cho thấy, men vi sinh đạt chuẩn có thể dễ dàng tái tạo trong đường ruột của những người ở nhóm 2, tuy nhiên, hoạt động tái tạo này lại khiến hệ gien của mẫu vi sinh vật và biểu hiện gien đường ruột của người bệnh phải mất vài tháng mới hồi phục. Ngược lại, hệ gien toàn bộ vi sinh vật đường ruột của nhóm 3 đã trở lại bình thường chỉ trong vài ngày.
Các nhà nghiên cứu cho rằng kết luận này đã đi ngược với quan niệm rằng men vi sinh là vô hại và có lợi đối với tất cả mọi người, đồng thời đặt ra cảnh báo về hậu quả lâu dài của việc sử dụng men vi sinh trong điều trị bằng kháng sinh để cân bằng đường ruột.