Nguyên nhân chủ yếu là do người dân chuyên canh lúa quanh năm, việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật gia tăng và thải trực tiếp xuống môi trường nước nên ảnh hưởng đến việc sinh trưởng và phát triển của cá trong khi nhiều người dân đánh bắt cá mang tính tận diệt, làm cho nguồn lợi cá đồng suy giảm rất nhanh. Bên cạnh đó, tình trạng người dân tự ý đưa nước mặn vào các vùng ngọt hoá khiến các loài thuỷ sản thuộc hệ sinh thái ngọt cũng dần mất đi.
Hình ảnh : Người dân huyện Trần Văn Thời thu hoạch cá đồng trên sông theo kiểu thả chà làm cho lượng cá bố mẹ mất đi, ảnh hưởng không nhỏ đến lượng cá những mùa tiếp theo.
