Ban Quản lý Vườn quốc gia Bến En, tỉnh Thanh Hóa đang triển khai đề tài khoa học “Nghiên cứu đặc điểm sinh học, xây dựng mô hình nuôi sinh sản và đề xuất giải pháp bảo tồn, phát triển loài Cheo cheo (Tragulus kanchil) tại Vườn quốc gia Bến En, tỉnh Thanh Hóa (giai đoạn 2023-2026)" nhằm xác định đặc điểm sinh học, hiện trạng phân bố, sinh cảnh sống, nguồn thức ăn để tìm ra phương án bảo tồn loài thú quý này.

Ban quản lý Vườn Quốc gia Bến En đang triển khai dự án khoa học “Điều tra, đánh giá hiện trạng, bảo tồn và phát triển bền vững các loài cây thuốc tại Vườn Quốc gia Bến En, tỉnh Thanh Hoá, (giai đoạn 2020-2022)” nhằm xác định thực trạng quần thể cây thuốc để bảo tồn và phát triển bền vững tài nguyên cây thuốc.

Sau hơn 3 năm triển khai thực hiện Dự án khoa học công nghệ “Điều tra, đánh giá hiện trạng và bảo tồn các loài khỉ Macaca tại Vườn Quốc gia Bến En (giai đoạn 2019-2022) ”, Ban Quản lý Vườn đã ghi nhận ngoài tự nhiên ba loài khỉ thuộc giống Macaca gồm: Khỉ Vàng có 6 đàn với 180 cá thể, khỉ Mặt đỏ có ba đàn với số lượng 54 cá thể và khỉ Mốc có hai đàn với số lượng 45 cá thể. Hiện Ban Quản lý Vườn Quốc gia Bến En đã xây dựng kế hoạch và các giải pháp bảo tồn các loài khỉ quý hiếm này.

Cây Vù hương thuộc họ Long Não, là loài thực vật mọc rải rác ở khu vực đồi núi thấp, có chiều cao từ 15-20 m, thân gỗ lớn, lá đơn mọc cách, quả màu xanh lục. Đây là loài đa tác dụng, được sử dụng trong nghành y, dược, thân cây dùng làm đồ gỗ, mỹ phẩm. Ban quản lý Vườn Quốc gia Bến En (tỉnh Thanh Hóa) đã triển khai dự án khoa học “Bảo tồn và phát triển loài Vù hương tại Vườn Quốc gia Bến En” để duy trì, phát triển số lượng cây, dùng 11 cây Vù Hương mẹ, tạo ra 6.053 cây con, trong đó 5.600 cây tạo giống bằng hom, 453 cây tạo bằng di thực cây.