Xử lý rác thải ở khu vực nông thôn, miền núi đang là một trong những vấn đề nan giải của tỉnh Thanh Hóa. Nguyên nhân của thực trạng này là do việc thiêu hủy rác tại các địa phương trong tỉnh còn gặp khó khăn do không có nguồn vốn. Một số huyện còn không có lò đốt rác, phương pháp xử lý rác thải chủ yếu là tập kết rồi chôn lấp hoặc đốt.