Vào lúc 8 giờ 5 phút ngày 17/11, tàu khách mang số hiệu SE3 đang hành trình theo hướng Bắc-Nam khi đến km 541+500 thuộc khu gian Long Đại-Mỹ Đức (địa bàn giáp ranh giữa xã Xuân Ninh và An Ninh, huyện Quảng Ninh, tỉnh Quảng Bình) đã va chạm với xe máy mang biển kiểm soát 73V1-9843 do anh Nguyễn Văn Năm (sinh năm 1967, trú tại xã Bảo Ninh, thành phố Đồng Hới) điều khiển đang qua điểm giao nhau giữa đường sắt và đường bộ.