Ngày 7/6/2022, tại Quyết định 684/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ phê chuẩn kết quả bãi nhiệm chức vụ Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội nhiệm kỳ 2021-2026 đối với ông Chu Ngọc Anh, do Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XIII quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức Khai trừ ra khỏi Đảng.
Chiều 7/6, mở rộng vụ án công ty Việt Á, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với: ông Chu Ngọc Anh (nguyên Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội, nguyên Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ), ông Phạm Công Tạc (nguyên Thứ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ) về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”; khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với đối với ông Nguyễn Thanh Long (nguyên Bộ trưởng Bộ Y tế) về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ".
Chiều 7/6, tại trụ sở HĐND - UBND thành phố Hà Nội, HĐND thành phố Hà Nội khóa XVI tổ chức Kỳ họp thứ 6 để xem xét, quyết định công tác nhân sự thuộc thẩm quyền của HĐND thành phố Hà Nội.
Sáng 23/6, tại kỳ họp thứ nhất của HĐND thành phố Hà Nội khóa XVI, nhiệm kỳ 2021-2026, ông Chu Ngọc Anh tiếp tục được bầu giữ chức vụ Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội khóa XVI, nhiệm kỳ 2021-2026 với số phiếu 92/94 (chiếm 97,87%).