Theo Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai (Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn), các địa phương thống kê thiệt hại đến 17 giờ ngày 12/9, bão số 3 và mưa lũ đã khiến 330 người chết và mất tích (226 người chết, 104 người mất tích); tăng 3 người so với thống kê lúc 12 giờ 30 phút cùng ngày.

Theo Trung tâm Dự báo Khí tượng Thủy văn Quốc gia, ngày 12/9, do ảnh hưởng của rãnh áp thấp bị nén qua khu vực Bắc Bộ kết hợp với hội tụ gió trên cao, Bắc Bộ và Thanh Hóa có mưa rào, dông, vùng núi có mưa vừa, mưa to, có nơi mưa rất to với lượng mưa phổ biến từ 40-80mm/24h. Riêng Điện Biên, Lai Châu, Lào Cai, Yên Bái, Hà Giang, Tuyên Quang có nơi trên 150mm/24h.