Năm 1995, hồ Ba Bể đã được Hội nghị các Hồ nước ngọt thế giới tổ chức tại Mỹ công nhận là một trong 20 hồ nước ngọt đặc biệt của thế giới cần được bảo vệ. Cuối năm 2003, Vườn quốc gia Ba Bể được công nhận là Vườn di sản ASEAN. Năm 2011, hồ Ba Bể được Ban Thư ký công ước Ramsar công nhận là khu Ramsar (vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế) thứ 1.938 của thế giới và là khu Ramsar thứ 3 của Việt Nam. Tuy vậy do tác động của từ nhiên, đặc biệt là các hoạt động khai khoáng, sản xuất nương rẫy thiếu kiểm soát…nên đã và đang làm nghèo kiệt hệ sinh thái phong phú nơi đây, gây ra tình trạng bồi lắng lòng hồ và sạt lở đất gia tăng đáng báo động.

Việc bảo tồn, sử dụng bền vững đa dạng sinh học và dịch vụ hệ sinh thái của các vùng đất ngập nước (khu Ramsar), góp phần phát triển bền vững kinh tế-xã hội, lưu trữ carbon, ứng phó với biến đổi khí hậu, bảo vệ môi trường, bảo tồn thiên nhiên, đa dạng sinh học.