Từ năm 1998, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã hợp tác với các trường đại học khối Pháp ngữ của Bỉ, đặc biệt là Viện nghiên cứu và giảng dạy đại học của Bỉ (ARES), thực hiện nhiều dự án về tăng cường năng lực giảng dạy, nghiên cứu khoa học trong lĩnh vực nông nghiệp như chăn nuôi, thú y và kinh tế nông nghiệp, phát triển nông thôn, nâng cao chất lượng đào tạo sau đại học và nghiên cứu theo tiêu chuẩn quốc tế.