Ngày 16/10, Viện Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh cho biết đã hoàn tất cáo trạng truy tố 2 bị can gồm: Vũ Văn Đảo (sinh năm 1968, Giám đốc Công ty cổ phần Công nghệ Việt Séc, Chủ tịch Hội đồng quản trị Công ty cổ phần Vũng Tàu Marina) và Đinh Văn Quyết (sinh năm 1980, Giám đốc Công ty cổ phần Vũng Tàu Marina) về tội "Đưa vào sử dụng các phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn".
Ngày 8/4/2017, đại tá Trần Hoàng Nhủ, Trưởng Công an huyện Đông Hải, tỉnh Bạc Liêu, cho biết: Cơ quan điều tra đã ra quyết định khởi tố vụ án, tạm giữ hình sự tài công Doãn Văn Nam, về hành vi vi phạm quy định về điều khiển giao thông đường thủy.
Khoảng 7 giờ 30 ngày 11/10/2016, tàu hàng số hiệu Ngọc Tuấn 01 xuất phát từ cảng Cửa Tùng, huyện Vĩnh Linh đi đảo Cồn Cỏ (Quảng Trị), đến 10 giờ 30 cùng ngày, khi còn cách đảo Cồn Cỏ khoảng 5 hải lý, tàu đã bị chìm trên biển. Thời điểm gặp nạn, trên tàu có rất nhiều hàng hóa và khoảng trên 30 người đi nhờ ra đảo Cồn Cỏ.
Ngày 5/7/2016, các lực lượng chức năng tỉnh Thái Bình đang tích cực tìm kiếm nạn nhân mất tích trong vụ chìm tàu xảy ra trên địa bàn xã Hồng Lý, huyện Vũ Thư, tỉnh Thái Bình.
Đến khoảng 16 giờ 30 ngày 5/6, các lực lượng chức năng đã tìm thêm được thi thể 2 cháu bé là Trịnh Kim Phượng (sinh năm 2009) và Trịnh Tiến Huy (sinh năm 2012), trong vụ tai nạn chìm tàu vào đêm 4/6. Thi thể của 2 cháu bé được lực lượng thợ lặn tìm thấy trên sông Hàn, cách địa điểm chìm tàu khoảng 800m theo hướng ra biển. Hai thi thể nằm cách nhau khoảng 100m. Hiện thi thể các cháu bé đã được đưa về Bệnh viện Đa khoa Đà Nẵng.