Theo số liệu thống kê của Chi cục Hải quan Cửa khẩu Cảng Sài Gòn Khu vực 1, tính đến ngày 3/10/2018, số container tồn đọng tại cảng Cát Lái là 35.020 container; trong đó, có 5.021 container tồn bãi trên 90 ngày. Về phế liệu, hiện có 3.265 container tồn đọng; trong đó, có 2.649 container tồn bãi trên 90 ngày.

Ngày 7/10/2016, lực lượng Hải quan Tp. Hồ Chí Minh phối hợp với Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm buôn lậu thuộc Bộ Công an và Bộ đội Biên phòng Cát Lái đã khám phá đường dây nhập lậu hơn 2 tấn ngà voi từ Châu Phi về Việt Nam qua cảng Cát Lái (quận 2, TP. Hồ Chí Minh).