Với sáng kiến quy trình báo động đỏ cứu sống nhiều trường hợp nguy kịch, Bệnh viện Nhi đồng 1 Thành phố Hồ Chí Minh đã đoạt giải Nhất Giải thưởng chất lượng khám chữa bệnh lần thứ 1 năm 2016, được trao vào ngày 10/2. Đây là Giải thưởng do Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh phát động với sự tham gia của các bệnh viện đang hoạt động trên địa bàn thành phố.
Ngày 06/3, với sự hỗ trợ của Bệnh viện Chợ Rẫy và các chuyên gia đến từ Đài Loan, các bác sỹ Bệnh viện Nhi đồng Thành phố Hồ Chí Minh đã tiến hành xạ hình cho 5 bệnh nhi đầu tiên mắc các bệnh lý về thận như thận ứ nước, giãn niệu quản thận.
Sáng 16/01/2017, Khoa Cấp cứu và Khoa Khám bệnh của Bệnh viện Nhi đồng Thành phố Hồ Chí Minh chính thức đi vào hoạt động, đón nhận những bệnh nhi đầu tiên đến khám bệnh. V
Ngày 25/4/2016, Sở Y tế Cần Thơ tổ chức khánh thành và đưa vào hoạt động Bệnh viện Nhi đồng thành phố Cần Thơ, tại phường An Bình, quận Ninh Kiều. Đây là Bệnh viện Nhi đồng đầu tiên và hiện đại nhất được xây dựng ở Đồng bằng sông Cửu Long (ĐBSCL).